Les trois usines productrices de B-17 ne furent que des centres d'assemblage, car une usine située à Wichita, dans le Kansas fabriquait des sous ensembles pour les trois autres, ces sous ensembles étaient alors livrés par train. Ces éléments étaient donc, tous identiques les uns des autres, pourtant, d'une usine à l'autre les méthodes d'assemblage étaient différentes. Ces méthodes, aussi peu différentes furent elles posèrent rapidement des problèmes de structure.
Ensuite, le rayon d'action du B-17 posa des problèmes, il fut donc décidé d'ajouter des réservoirs supplémentaires aux avions, ils furent appelés réservoirs Tokyo, ils permettaient de faire passer la distance franchissable à 1600 km environ. Sur la ligne de production ces modifications apparurent au B-17F-80-BO, les avions produits précédemment furent modifiés soit en Centre de Modification ou au pire en unités opérationnelles.
Durant les premiers engagements contre les forces de l'axe, il fut détecté une grande faiblesse aux attaques frontales, il fut donc mis en place de percer des postes de tir de chaque coté du nez de l'appareil, les mitrailleuses placée de calibre 12,7mm étaient actionnées par le navigateur et le bombardier. Ce changement majeur fut introduit au B-17F-55-BO mais il n'améliora pas la défense frontale du Bombardier.