Les sous traitants de Boeing auront des difficultés à mettre en production le B-17 pour des raisons de différences d'assemblages des sous ensembles livrés par Boeing, ces mêmes sous traitants seront pourtant les derniers à produire l'avion en mai 1945. Dans les premières semaines de production, des problèmes d'assemblage sont détestés avec des risques graves de rupture du fuselage. Les B-17 fabriqué par Vega couteront alors 27000 dollars de plus qu'un B-17 Boeing.
B17F-1VE: 42-5705 à 42-5709
Sur une base de sous ensembles de B-17F-20BO avec tout de même la modification des superchargeurs, et l'installation d'un nouveau générateur de type P1
B-17F-5VE: 42-5710 à 42-5724
Modification du circuit d'oxygène et ajout d'un radio compas SCR 269
B-17F-10VE: 42-5725 à 42-5744
Nouvelle radio SCR-535, nouveau sélecteur larguage des bombes, , détails mineurs.
B-17F-15VE: 42-5744 à 42-5764
Modification des volets, ajout de l'astrodome du navigateur au dessus du nez, dégivreur ajouté
B-17F-20VE: 42-5765 à 42-5804
Emplacement du lance bombe externe ajouté
B-17F-25VE: 42-5805 à 42-5854
Extincteurs des moteurs enlevés, modification du câblage électrique.
B-17F-30VE: 42-5855 à 42-5904
Modification de la structure externe des ailes Nouvelle pompe à carburant D16. Réservoirs de soute à bombe enlevés.